卵泡内见分隔是否会影响怀孕，以及是否会增加胚胎异常的风险，需要根据具体情况而定。如果是生理性原因导致的卵泡内见分隔，则不会影响怀孕和胚胎发育。但若是病理性因素所致，则可能会导致胎儿畸形或出现胎停的情况。

一、不会影响正常妊娠：1-2mm的卵泡内见分隔属于正常的生理现象，在临床上并不少见，通常提示为窦前卵泡或者窦性卵泡，此时不需要特殊处理，也不会对女性生育功能造成不良的影响，更不会引起胚胎停止发育等情况发生。

二、可能影响正常妊娠：如果卵泡内见分隔且分隔较宽大，超过5mm甚至更大时，则考虑与卵巢储备功能下降有关，由于卵泡质量较差则容易形成囊肿样改变，从而可导致不孕不育的发生率明显升高，并且还可能会增加早期流产以及晚期流产等风险。此外，当卵泡内见分隔并且伴有其他病变时，如巧克力囊肿等，则会严重影响到受精卵着床，还会增加异位妊娠的发生几率，严重情况下还可导致宫外孕破裂，引起孕妇大量出血，进而危及生命安全，此时可能导致胎儿死亡，即发生胎停。

因此，对于卵泡内见分隔的女性来说，建议及时前往医院进行相关检查，明确具体病因后给予针对性治疗。若是由内分泌紊乱所引发的卵泡内见分隔，则需遵医嘱口服屈螺酮炔雌醇片、去氧孕烯炔雌醇片等短效避孕药调节月经周期。而对于存在巧克力囊肿者，必要时可行手术切除病变部位。